| 種別 | 列車名 | 運転区間 | 使用車両 | 特記事項 | |
| 急行 | あおもり | 大阪－青森 | ５８３系（京都車） | 臨時列車 | |
| 寝台特急 | あかつき | 京都－長崎 | １４系（京都車） | ２００５年１０月１日～「なは」と併結運転 | |
| 寝台特急 | あさかぜ | 東京－下関 | ２４系（下関車） | ２００５年２月２８日で廃止 | |
| 寝台特急 | あけぼの | 上野－青森 | ２４系（尾久車） | ||
| 寝台特急 | 出雲 | 東京－出雲市 | ２４系（尾久車） | ２００６年３月１７日で廃止 | |
| 寝台特急 | カシオペア | 上野－札幌 | Ｅ２６系（尾久車） | 臨時列車 | |
| 急行 | きたぐに | 大阪－新潟 | ５８３系（京都車） | 新津－新潟間は「快速」 | |
| 急行 | きたぐに９１号 | 美川→新潟 | ５８３系（京都車） | 小松駅付近高架化工事に伴う臨時列車 | |
| 寝台急行 | 銀河 | 東京－大阪 | ２４系（宮原車） | ||
| 寝台特急 | 神戸夢物語号 | 上野→神戸 | ２４系（尾久車） | 臨時列車 | |
| 寝台特急 | さくら | 東京－熊本 | １４系（長崎車） | ２００５年２月２８日で廃止 | |
| 寝台特急 | 彗星 | 京都－南宮崎 | １４系（京都車） | ２００５年９月３０日で廃止 | |
| 寝台特急 | サンライズ出雲 | 東京－出雲市 | ２８５系（出雲車・大垣車） | 東京－岡山間は「サンライズ瀬戸」併結 | |
| 寝台特急 | サンライズ瀬戸 | 東京－高松 | ２８５系（出雲車・大垣車） | 東京－岡山間は「サンライズ出雲」併結 | |
| 急行 | だいせん | 大阪－米子 | キハ６５系（京都車） | ２００４年１０月１５日で廃止 | |
| 寝台特急 | 東京夢物語号 | 大阪→上野 | ２４系（尾久車） | 臨時列車 | |
| 急行 | 東北夏祭り号 | 大阪→青森 | ５８３系（京都車） | 臨時列車 |  |
| 寝台特急 | トワイライトエクスプレス | 大阪－札幌 | ２４系（宮原車） | 臨時列車 | |
| 寝台特急 | なは | 京都－熊本 | ２４系（熊本車） | ２００５年１０月１日～「あかつき」と併結運転 | |
| 寝台特急 | 日本海 | 大阪－青森 | ２４系（宮原車・青森車） | ||
| 急行 | 能登 | 上野－金沢 | ４８９系（金沢車） | |
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| 寝台特急 | 北斗星 | 上野－札幌 | ２４系（札幌車・尾久車） | ||
| 寝台特急 | 北陸 | 上野－金沢 | １４系（尾久車） | ||
| 寝台特急 | はやぶさ | 東京－熊本 | ２４系（熊本車） | ２００５年３月１日～「富士」と併結運転 | |
| 急行 | ビックスワン大阪 | 新潟→大阪 | ４８５系（京都車） | ワールドカップ開催に伴う臨時列車 | |
| 寝台特急 | 富士 | 東京－大分 | １４系（熊本車） | ２００５年３月１日～「はやぶさ」と併結運転 | |
| 団体 | 舞浜直通号 | 大阪－舞浜 | ４８９系（金沢車） | 団体列車 | |
| 寝台特急 | 夢空間 | 主に、上野－札幌 | ２４系（尾久車） | 臨時列車 | |
| 臨時快速 | ハリウッドエクスプレス | 大阪－下関 | １２系「旅路」（ＪＴ・下関車） | 臨時列車 | |
| 臨時快速 | ムーンライト山陽 | 京都－下関 | １４系（宮原車） | 京都－岡山間は「高知」「松山」と併結運転 | |
| 臨時快速 | ムーンライト高知 | 京都－高知 | １２系（高知車）・１４系（宮原車） | 京都－多度津間は「松山」と併結運転 | |
| 臨時快速 | ムーンライト松山 | 京都－松山 | １２系（高知車）・１４系（宮原車） | 京都－多度津間は「高知」と併結運転 | |
| 臨時快速 | ムーンライト九州 | 新大阪－博多 | １４系（京都車） | ||
| 臨時快速 | ムーンライト八重垣 | 大阪－出雲市 | １４系（宮原車） | ||
| 臨時快速 | ムーンライトながら | 大垣－東京 | ３７３系（静岡車） | ||
| 臨時快速 | ムーンライトながら９１・９２号 | 品川→大垣（９１号） 大垣→東京（９２号） |
１８３・１８９系（田町車） | 元・特急「あずさ」「あさま」用車両 （Ｈ１０１編成・Ｈ１０２編成） |
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| 臨時快速 | ムーンライト苗場 | 越後湯沢→上野 | １８３系（高崎車） | ||
| 臨時快速 | ＥＬ＆ＳＬ奥利根号 | 上野－水上 | １２系（高崎車） |
